S obzirom na, ne samo zakonsku obvezu, već i uvjerenje o značaju suradnje Ureda kao tijela državne uprave s nevladinim udrugama i civilnim društvom, a u svrhu učinkovitije provedbe Zakona o ravnopravnosti spolova i drugih propisa, od samog početka rada Ureda nastojalo se ostvariti i jačati suradnju sa predstavnicima/cama nevladinog sektora.

Ove aktivnosti uključivale su:

1. poziv na trajnu suradnju nevladinim udrugama koje se bave pitanjima ravnopravnosti spolova i ljudskih prava žena s Uredom za ravnopravnost spolova
2. financiranje projekata i drugih aktivnosti ovih udruga
3. sudjelovanje u radu niza tribina, okruglih stolova, radionica, konferencija i drugih manifestacija u organizaciji pojedinih udruga na kojima je predstavljan rad i ciljevi novoosnovanog Ureda za ravnopravnost spolova
4. uspostavljanje partnerskog odnosa na zajedničkim projektima

Ured je od početka svog djelovanja surađivao s velikim brojem nevladinih udruga kao što su Ženska mreža Hrvatske, Centar za edukaciju i savjetovanje žena – CESI - Zagreb, Centar za ženske studije - Zagreb, Delfin - Pakrac, Centar za građanske inicijative - Poreč, Stope Nade - Split, HOMO - Pula, Autonomna ženska kuća - Zagreb, B.a.b.e, Hrvatsko sociološko društvo, Hrvatsko filozofsko društvo, Korak - Karlovac, Centar za žene žrtve rata, Radna skupina za jednakost spolova pakta o stabilnosti i dr.

Prezentacija: Iskustva u suradnji s organizacijama civilnog društva